Hudební teorie je prakticky orientovanou muzikologickou disciplínou s úzkým vztahem k problematice hudební skladby a interpretace, se zvláštním zřetelem zejména k technologickým aspektům tvorby. 

Katedra připravuje studenty k využití vědecké hudební teorie v odborné redakční, publicistické či dramaturgické činnosti, také však i do sféry samostatného vědeckého výzkumu a odborných expertíz. Základem je hlubší poznání jednotlivých hudebně-teoretických disciplín (hudební nauka, kontrapunkt, harmonie, hudební formy, tektonika), jejich vývoje, vzájemných vztahů a aktuálních názorových proudů. Do studijních plánů jsou však též zapojeny přesahy do akustiky a psychoakustiky, organologie, etnomuzikologie, hudební psychologie a estetiky. Jsou však reflektovány též méně obvyklé interdisciplinární vztahy. Důraz je kladen na rovnováhu teoretických studií a jejich aplikace do praxe. Katedra realizuje bakalářský, magisterský i nejvyšší, doktorandský stupeň vysokoškolského vzdělání.