Hudební teorie je prakticky orientovaná muzikologická disciplína s úzkým vztahem k problematice hudební skladby a interpretace, se zvláštním zřetelem zejména k technologickým aspektům tvorby. Vlastní hlavní předmět studia (hudební teorie) je pojat jako přednáška o vyšší hudebně teoretické problematice a je rozčleněn ve čtyři základní tématické okruhy: úvod do hudební teorie, dějiny hudebně teoretických systémů evropské hudby, významné osobnosti české hudební teorie a jejich dílo, systematika hudební teorie. Přednáška je doplněna dalšími specializovanými předměty (teorie interpretace a seminář interpretačních analýz, etnomusikologie, základy hudební akustiky aj.), společně s ostatními studenty se posluchači oboru hudební teorie zúčastňují výuky dějin hudby, hudební estetiky, dějin umění a cizích jazyků. Praktickou součástí studia je povinná hra na klávesový nástroj a cvičení v základech kompoziční techniky.

Studium bakalářského i magisterského stupně je zakončeno sepsáním a obhájením diplomové práce z oboru hudební teorie s možným zaměřením na obecnou hudební teorii, teorii skladby nebo teorii interpretace.