Oddělení hudebně teoretických disciplín zajišťuje výuku teoretických předmětů pro všechny obory na HAMU. Každý student procházející studiem kteréhokoliv hlavního oboru dostává od pedagogů tohoto oddělení kvalifikované informace o hudební teorii, dějinách hudby atd., ať ve formě přednášek, nebo seminářů. Jako samostatné oddělení existuje od roku 2016.